噶尔丹在征讨喀尔喀得胜之后便引军返回科布多整修，此时他软禁在亦力巴里（注：伊犁）的两个南疆回部苏丹策动叛乱，但在噶尔丹回师之后便被准格尔人所平定。不过叛乱虽然平定了，可占卜的喇嘛却说噶尔丹的两个侄子、前任僧格汗之子索诺木阿拉布坦和策妄阿拉布坦是叛乱的背后主谋者。

由于蒙古人的继承制度，对两个实力不俗的侄子早就心怀忌惮的噶尔丹便顺水推舟的听信了谗言，设计处死了索诺木阿拉布坦。知道叔