决战当日，施琅将所部分为四个部分。中路共有五十六艘大型战船，分为八队，每队有七艘船，由施琅亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。右路由朱天贵指挥，共辖有五十艘战船，从东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻郑军。左路由林贤指挥，也有五十艘船，计划从内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。另外施琅还将八十艘较小的广船、鸟船组成预备队，随时准备增援各路清军。

在发现了清军的动态后，刘