郑克臧编练童子军的目的是为了有一支能贴身保护自己的力量，但是他也希望能将这支还没有起步的小军队有朝一日扩充为明郑的主要力量，因此他拟定的童子军的编制相对现而今郑军的体制有了不小的改变。

郑军现在的体制是当年朱成功在东渡台湾之前厘定的，实行的是五五制。

其陆师最高编制为军，有前、后、左、右、中等五个军。五军由名为总督五军戎政的高级武官统辖，每个军则分设提督一员、总理监营一