当时宴会结束后，成为这一届波导的勇者的小智的特殊波导突然让曾经的勇者亚朗的精灵路卡利欧从封印中走出，而皮卡丘失踪，就是那之后被小智等人发现的。

在女王艾琳的建议下，路卡利欧带着小智一行人去世界初始之树寻找皮卡丘，不过因为世界初始之树的守护者的阻挠，他们误入了世界初始之树内部。

然后，世界初始之树激活了免疫系统，其内类似白细胞的物质开始吞噬病毒“人类”，好在，最后在梦