还仅限于吕宋岛和米沙部，对于密布原始森林的棉兰老岛，并没有被划入吕宋总督府下辖的六府四十县中。

自从吕宋国王绝嗣后，吕宋总督府便成为了这里的最高统治机构，对于北京朝廷来说，这里实在太远太微不足道了，因此这里开府建牙十年，都没有更换过总督，如果不是有沈默的支持，这里甚至连最基本的文官系统都配不上。不过野生有野生的好处，可以无拘无束，肆无忌惮的进行规划…设计。吕宋岛被分为三大区，马尼拉和玳瑁