在给自己带来更大声望同时，也给德川庆喜带来了更大麻烦。同时，由于伊东和武田的离开，新撰组内部的分裂和矛盾进一步加剧，到后来，甚至出现了因为是不是要成为幕府真正的的“臣子”而自杀的事情。可以这么说，伊东与武田的离开不仅意味着新撰组的实力受到了极大的损失，同样意味着新撰组最终无可遏制的冲向死亡终点，

新撰组的疯狂最终在1867年的秋天告一段落，德川庆喜的军队再次被地方豪强打败，坂本龙马的船中