可是，这一大好形势，却因为郑成功率军攻打南京城的失利，而很快急转直下。

正当张煌言收复徽州时，听到郑成功在南京城下兵败之事，于是“还芜湖收兵，冀联合瓜洲、镇江（义）军为守计”，期待有利时机，再作他图。

不久，张煌言又得到郑成功军已放弃瓜洲、镇江等地，而退回海上的消息，致使张煌言所率义军处于进退维谷、腹背受敌的危险处境，很快遭致溃败。

就在这个时候，清朝两江总督