第二次考试，则交由导师们自定二试考题、面试，3万人选出4000人，可谓优中选优。导师们经过半年系统学习，了解和熟悉了马由编制的教学大纲，所以才放心让他们自行招生。

马由也是从6000余名报考他的学生中，精心挑选出来的这9名硕士、博士生。

出乎大众意料的是，马由招收的专业多达6个。硕士分别是机械工程、生物工程、和计算机科学。而博士生则是数学、物理、天文学3个基础学科方向。