太过于惨烈，在牺牲了数名皇家骑士的情况下好不容易将七大魔王打败并被封印，三大天使也只剩下神圣天女兽活下来。

一千年之后，数码兽开始大量增加，被终端电脑世界树管理着的世界因为不断膨胀的数据量而面临崩溃的危机。

而在人类世界，十年前，世界各地也开始出现异常，莫名的有人类失踪，甚至有人亲眼看到怪兽。同时，莱德的父母通过调查可以肯定人类世界的次元出现扭曲，有另一个不为所知的世界和人类世