南京紫禁城的布局和北京紫禁城内几乎一模一样，从南门的午门到北门的玄武门，各门各宫殿的名字几乎也都一样。

嘉靖皇帝将北京紫禁城内的奉天殿改为皇极殿，南京紫禁城中的奉天殿依旧叫奉天殿，是举行大朝会的地方。

由于二百年来无人居住，南京紫禁城历经了多次灾难和风吹雨打，很少维修保护，以至很多宫殿老化残破，不过皇太子监国的消息传到南京后，南京工部官员已经开始着手维修，目前奉天殿和乾