虽然超级计算机在商业应用上远逊于大型机，但在许多科研领域，依旧有不小的市场。比如东方研究院进行芯片研发时，使用超级计算机能提高效率。当然一般的半导体设计公司不可能这么奢侈。

此外像汽车制造商研发新车型时的风洞试验、制药厂研发新药时的化学分子式合成、天气预报、石油勘探等许多领域，都会使用到超级计算机。克雷公司去年的销售额已经突破了1亿美元，可以说这个市场还是有一定规模的。