洪武二十七年，福建都司为治理东南沿海倭患，设永宁卫。下辖福全、崇武、中左、金门、高浦五个千户所，配给兵额七千人，与当时北方的天津卫、威海卫并称三大海防卫所。

嘉靖年间，永宁卫地处抗倭前线。名将俞大猷率兵多次在永宁卫附近大败倭寇，并在卫城南门的朝阳山上留下由他亲自手书的镇海石一座。

然而，这种风光自从万历年开始就每况愈下了，随着税收逐年增加，再加上收成不好，穷军户每年的收