玉虚宫内门共有“一堂两院三阁”。

其中“一堂”是指丹药堂，都是丹师，专门研究和炼制丹药。

“两院”是指占星院和灵福院，占星院负责观测记录天象、推卜吉凶；灵福院则都是符师，专门研究符咒和阵法。

“三阁”以收藏为主，也有产出剑阁铸剑藏剑；藏书阁藏书，还广纳博学之士，研究天文地理，农耕建造，以及历史人文，也著书立说；珍宝阁则由一位懂得炼器的长老主持，收藏灵丹灵器，还