天启二年二月底，平辽侯中军大帐从九州岛东端的门司移到了西部的长崎。

长崎作为日本对外门户，历来颇受重视，德川家康统一日本后，便将长崎设为幕府直辖地，在此设置奉行，名曰长崎奉行。

此外，长崎还是大村、平户、岛原各藩领地。

不过九州之战后，无论是奉行还是以上三位大名，全都被开原军消灭。

他们连同家臣武士一起，死于朝鲜乱兵屠刀之下，现在早已尸骨无存。