它大部分书院如阳翟儒林书院、光山涑水书院、睢阳应天书院等，也大都毁于此时。

待太祖皇帝朱元璋驱除胡掳，在中原建立大明王朝后，明政府又采取了大力发展官学教育，禁绝各地书院的文教政策，使得明初书院的发展经历了一个近百年的沉寂阶段。与此同时，官学却得到极大发展，省内各府、州、县遍设儒学，大置教官，一时形成“唐宋以来所不及”。

宪宗成化以后，随着官学的日渐衰落和